生物肥料在对土壤中农药等有机污染物修复方面的作用是降低病虫害的防治次数，降低农药的使用量，从而减少农药在作物中的残留量。
其一，微生物肥料能改变土壤耕作层微生物区系，在作物根系周围形成优势菌落，从而强烈抑制病原菌繁殖，降低病虫害发生次数；
另一方面，微生物在其生命活动过程中产生多种物质，如激素类、腐植酸类以及抗生素类，这些物质能刺激作物生长健壮，增强作物自身抗病害能力。
生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类。
（1）有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。
（2）分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
（4）促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。
农业农村部部长韩长赋在全国农业工作会议上表示，推进开展果菜茶有机肥生物有机肥替代化肥行动，对于优化农业投入品品种结构、改良土壤、提高肥力和改善作物根际微生物群等具有积极作用。
我们制定的化肥使用量零增长行动方案明确提出，在化肥使用结构上要实现“两优化”：优化氮磷钾配比，促进大元素与中微量元素的配合；将生物肥料作为加快新产品推广的一项重要内容，采取有力措施推动微生物肥料推广应用。
未来，将把生物有机肥作为促进化肥减量增效的一项重要措施，充分利用媒体加大宣传引导，让农民了解生物有机肥在改良土壤、培肥地力、改良作物品质、减轻农业面源污染等方面的功效，提高施用生物有机肥的主动性和积极性。
