由于限于技术与经济可行性，绝大多数牛粪便未能做任何处理直接排出场外。而养牛场在地域分布上多在水源保护区，这样经过多年运行后，这种直接排放已造成地表水、饮用水的严重污染，同时也是大气与地下水的严重污染源。畜禽粪便堆放期间在微生物的作用下，其中有机物质被分解而产生一些诸如甲烷、硫化氢、氨气、甲硫醇等恶臭气体。空气中这些有害气体含量达到一定浓度时会对人和动物产生有害影响。