使用沼渣有机肥的土壤中，有机质与氮磷含量比未使用沼渣的土壤均有所增加，而土壤密度下降。孔隙率增加。土壤的理化性质得到改善，保水保肥能力增强。若和沼液浸种、根外追肥相结合。效果更好，还可使作物和果实在整个生育期内基本不发生病虫害，减少化肥和农药的施用量。沼渣有机肥含有丰富的生物所需营养元素，有丰富的粗蛋白、粗纤维、粗脂肪、钙、磷、以及氨酸类。沼渣有机肥生产线中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。