微生物有机肥的生产要用到整套有机肥生产线工艺和有机肥设备的使用，用到的有机肥设备有发酵翻抛机、有机肥粉碎机、筛分机、铲车料仓、有机肥搅拌机、自动配料机、有机肥造粒机、烘干机、冷却机、有机肥粉碎机、颗粒筛分机、有机肥包膜、有机肥 包装机等设备的使用。整套有机肥生产线生产的微生物有机肥按微生物种类划分可分为五大类：①细菌类肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解钾菌肥、光合菌肥）；②放线菌类肥料（如抗生菌肥）；③真菌类肥料（菌根真菌肥：包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂）；④藻类肥料（如固氮蓝藻菌肥）；⑤复合型微生物肥料，即肥料由两种以上微生物按规划好的比例组合形成。