在现代畜禽养殖场，尤其是规模化养殖场，畜禽都饲养在畜禽舍内，它们的生产、繁衍等生命活动均在畜禽舍内完成，它们生命代谢所产生的粪和尿也排泄到畜禽舍内，如果畜禽排泄的粪尿没有被及时清理出去，则粪尿废弃物将在微生物的作用下发生一定程度的降解，挥发出氨气、硫化氢等有害气体，这些有害气体在畜禽舍内蓄积，导致畜禽舍内空气环境质量下降，畜禽会感到不舒服，它们的生长和繁殖性能就会受到影响，严重时甚至可能引发疾病和死亡。
不仅如此，畜禽粪尿中还含有多种微生物，其中包含致病微生物，如果带有致病微生物的粪尿长时间滞留于畜禽舍内，也可能出现致病微生物传播发病。可见，清粪是畜禽养殖过程中的重要环节，不仅有助于保持畜禽舍内环境清洁，还有助于减少疾病发生。因此，畜禽养殖过程中要采取适当的清粪方式，及时清理出畜禽舍内的粪便，以便于后期的无害化处理。
现在的有机肥设备对畜禽粪便进行处理用到的有机肥生产线工艺和设备，就是专门的对畜禽粪污的处理设备。可为农作物提供营养，同时有机肥在土壤中分解，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附性能，对重金属离子有很好的络合吸附作用，能有效地减轻重金属离子对作物的毒害，并阻止其进入植株中，并且保护植腐殖酸物质物的根茎。
目前畜禽养殖过程中的主要清粪方式有干清粪、水冲清粪和水泡粪3大类清粪方式，清粪方式选择应遵循以下原则：
首先，清粪方式应与粪污后期处理环节相互参照。清粪只是粪污管理过程的一个环节，它须与粪污管理过程的其他环节相连接形成完整的管理系统，才能实现粪污的有效管理。也就是说，可以根据选定的清粪方式，确定后续的粪污处理技术；也可以根据选定的粪污处理技术，确定相匹配的清粪方式。例如，如果某猪场打算采取沼气工程处理粪污，该猪场的清粪方式选择为水泡粪清粪方式；同样，如果某猪场采用水泡粪清粪方式，粪污的后期处理确定为达标排放处理就不合适，因为水泡粪的粪污中有机物浓度很高，对这样的粪污进行净化处理，显然要付出很高的代价，得不偿失。
其次，选择清粪方式还应综合考虑畜禽种类、饲养方式、劳动成本、养殖场经济状况等多方面因素。由于畜禽种类不同，其生物习性和生产工艺不同，对清粪方式的选择也有影响，例如，蛋鸡主要采用叠层笼养，由于鸡的尿液在泄殖腔与粪便混合后排出体外，生产过程中几乎只产生固体粪便，因而采用干清粪方式。
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