肥料是作物的“粮食”，是农业生产中不可或缺的投入品，微生物肥料在肥料分类中属于有机类肥料。我国的微生物肥料可分为三类产品，包括农用微生物菌剂、生物有机肥和复合微生物肥料。其中，农用微生物菌剂包括根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、农用微生物浓缩制剂、生物修复菌剂（土壤修复菌剂）等。微生物肥料的核心是含有特定的功能微生物。将微生物制剂和有机物（畜禽粪便等）或有机物、无机物（氮、磷、钾）混合，用量较大的，称为生物肥料，简称菌肥。