由于微生物肥料可以提高土壤的养分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以减少化肥的用量，并且获得等效的增产效果。微生物肥料在提高肥料利用率方面有明显作用，根据作物种类、土壤类型和气候条件，微生物肥料与化肥的合理配合，既能增加作物产量，又能提高肥料利用率，这不仅有经济上的意义，而且有生态学和环境保护的意义。除上述作用外，微生物肥料还具有如下作用：施用后不会造成有害物质在作物体内的积累；对农业生态环境无不良影响，有的还具有土壤净化剂功效，降低土壤中过多积累的有机物质。如分解纤维素、木质素等微生物肥料，可对城市生活垃圾、农牧业有机废弃物进行快速发酵。